Tras una buena actuación en el Estadio Hidalgo Pachuca llevó la eliminatoria al alargue, ya que el marcador en la vuelta era de 4:2 por lo que ambos equipos iban empatados a 4 tantos. Pachuca enfrentó a Los Angeles Galaxy en el primer partido de la fase de grupos, siendo derrotado en el último minuto por marcador de 2-1. En el segundo partido pachuca no podía perder, por lo que fue obligado a buscar la victoria ante el FC Dallas, sin embargo al minuto 74 Carlos «Pescadito» Ruíz hacia el gol para el equipo texano. Obligando al partido a extenderse a tiempos extras, donde el felino Pablo Barrera se convierte en el héroe anotando el gol que le dio su sexto título a los Pumas de la UNAM y su segundo subcampeonato a Pachuca. Se contrató al argentino Pablo Marini como nuevo director técnico. El equipo hidalguense clasificó como subcampeón del Clausura 2009, por lo que jugó una eliminatoria de ida y vuelta contra el Deportivo Jalapa de Guatemala, quedando en la ida en el Hidalgo 3-0 a favor del equipo blanquiazul. Por segunda ocasión en el año el equipo blanquiazul llegaría a la Liguilla del Fútbol Mexicano con apenas 25 puntos en séptimo de la general.

Heriberto Herrera, Benito Joanet, Rafa Benítez y Oltra, de manera cronológica, realizaron las subidas al nivel más alto del fútbol español. En 1982 se creó la Federación Española de Fútbol Sala (FEFS), que se separó de la RFEF. Pachuca consiguió el gol al minuto 62, por lo cual avanzaban a la siguiente ronda según los criterios de desempate donde se dice que si dos equipos tienen la misma cantidad de puntos, la misma diferencia de goles y mismos goles anotados, se clasificaba al equipo vencedor del partido disputado entre esos mismos equipos. Siendo el único representante de México en el torneo, Pachuca enfrentó al Houston Dynamo, empatando a dos tantos en el tiempo regular, por lo que ambos equipos fueron directo a la tanda de penales, en la cual Pachuca resultó vencedor por marcador de 5-3. Ya instalados en la final a partido único, Pachuca enfrentaría nuevamente al Los Angeles Galaxy, en un partido muy cerrado donde se presentó la lesión de David Beckham tras un tapón con Fernando Salazar. Pachuca jugó contra el Deportivo Toluca en la ida, en el estadio Nemezio Diez donde se fue con ventaja tempranamente con un gol de Darío Cvitanich, pero a 10 del final Edgar Dueñas igualó el marcador.

La vuelta se jugó con mayor intensidad ya que Edy Brambila abrió el marcador para los Tuzos y además que Toluca llegó innumerables ocasiones durante el resto del partido, camiseta osasuna 2022 pero finalmente Pachuca llegaría a la final. En la semifinal enfrentaría al Deportivo Toluca. Después de una gran actuación en el torneo, Pachuca, campeón del Torneo Clausura 2006, se iba a ver la cara del campeón del Torneo Apertura 2006, las Chivas de Guadalajara. El último gesto de complicidad entre el club y la Casa Real tuvo lugar el 17 de mayo de 2006, con motivo de la final de la Liga de Campeones de la UEFA 2005-06, cuando los Reyes acudieron a París para mostrar su apoyo al conjunto azulgrana y, concluido el encuentro, bajaron al césped a felicitar a los jugadores del equipo junto al presidente del gobierno español José Luis Rodríguez Zapatero, declarado seguidor del conjunto barcelonista, y el presidente de la Generalidad de Cataluña Pasqual Maragall. La vuelta se realizó el domingo 31 de mayo en el Estadio Huracán. El pasado domingo 28 de mayo tuvo lugar la XXIX edición del Trofeo Miguelito en el Coliseo de La Coruña, en el que nuestro Centro fue ganador de uno de los premios a la «Mejor Técnica Colectiva por Centros Participantes».

La ida en el Estadio Jalisco se empató con trabajos del equipo hidalguense, por lo que el resultado fue 2:2. La vuelta mostró grandes jugadas ofensivas y defensivas por lo que el tiempo regular terminó empatado a 0 goles. El partido fue difícil para el equipo hidalguense, el Cruz azul dominó en casi todo el encuentro. ↑ «El último partido de Clemente». ↑ Argudo, Javier. «Las dos Ligas perdidas por el Real Madrid en Tenerife de forma consecutiva». De forma agónica el Pachuca logró su segunda Copa de Campeones de la Concacaf, después de que Alberto Medina fallara el séptimo penal en la muerte súbita y que Luis Ángel Landín consiguiera el penal acertado. En la Copa del Generalísimo superó al Atlético Baleares y al Osasuna, pero cayó ante el Valencia en octavos por un global de 2-3, que se llevó a Ñito días después de la vuelta. ↑ «El día que cambió la historia del Athletic de Bilbao». ↑ La Liga (ed.). Orígenes, nacimiento y consolidación del FC Barcelona (1875-1903) (ed.).