Sin embargo, el inicio de la temporada no es el esperado y Sergi Barjuan es destituido como técnico de la U.D. La segunda temporada con el técnico almeriense Francisco Rodríguez al mando del conjunto almeriensista comienza sin apenas cambios respecto al agónico año anterior. Joan Carrillo permanece al mando del conjunto almeriensista durante 10 partidos en los que no consigue ninguna victoria, tras lo cual es destituido, haciéndose cargo del equipo Miguel Rivera de manera interina hasta la llegada del nuevo entrenador; Néstor Gorosito, un viejo pretendido por el expresidente Alfonso García que no terminó en la U.D. Tras el despido de Francisco Rodríguez toma el mando del primer equipo como entrenador interino Miguel Rivera Mora, quien dirige un único encuentro, tras el cual llega el entrenador Juan Ignacio Martínez que dirige al equipo durante 14 jornadas antes de ser también destituido para contratar al técnico barcelonés Sergi Barjuan, el cual a pesar de unos más que buenos nueve últimos partidos y un notable trabajo, no consigue la permanencia y se confirma el descenso de la U.D.

Terminó el equipo almeriense la primera vuelta en tercera posición y con 38 puntos cosechados, sin embargo, la segunda vuelta fue algo más irregular y, como en la temporada anterior, en la fase final el equipo se mostró menos sólido y llegó a caer hasta la 5ª posición apenas 5 partidos antes del final de liga. ↑ «Clasificación final de 2ª División B Grupo IV – 2000-01». BDFutbol. Esta ‘quinta’ conquistó el que fue el mayor logro del primer equipo filial antes de subir al primer equipo: el título de Segunda División en 1984 con el Castilla C. F. Al año siguiente fueron promocionando progresivamente uno a uno al primer equipo, gracias a Alfredo Di Stéfano, por aquel entonces entrenador del primer equipo, equipacion osasuna y a Amancio Amaro entrenador del filial. La temporada comenzó mal, con pésimos números, el equipo llegó a estar colista, y sin mostrar signos de mejora, el expresidente Alfonso García decide destituir a Fernando Soriano en la jornada 27, haciéndose cargo del equipo como entrenador interino el técnico del filial Fran Fernández durante dos partidos, (CD Lugo 1-2 U.D. En el mercado de verano se realizan 11 fichajes y se suben a 5 jugadores del filial. Finalmente el árbitro aceptó y los jugadores de ambos equipos pudieron saltar al terreno de juego y disputar sin ningún otro inconveniente el partido de liga.

En la nueva temporada 2018/19 se produce una importante reestructuración de la plantilla, dejando salir a varios jugadores que llevaban tiempo en el equipo y a otros que quizá no habían dado el nivel esperado. Tras apenas una temporada en el club, Martino abandona la entidad luego de conseguir solo un título, la Supercopa de España. Tras la consecución del ascenso a primera división, el Almería vuelve a estar entre los grandes de España. Teerasil debutó en la máxima categoría española el día 23 de agosto de 2014, sustituyendo a Fernando Soriano en el minuto 65 de un partido que finalizaría en empate en casa por 1-1 contra el R. C. D. Espanyol, este hecho supuso a Teerasil convertirse en el primer futbolista tailandés en disputar un partido de la Primera División de España. Ramis logra situar al equipo en números de playoff, aunque desafortunadamente teniendo que salvarse de nuevo del descenso a Segunda B en la última jornada en casa frente al CF Reus por la acumulación de malos resultados antes de su llegada.

Almería a segunda división en la última jornada frente al Valencia C.F.. Se trabajó con gran efecto y el equipo ganó dos Ligas y la novena Copa de Europa en 2002, el año del Centenario, frente al Bayer Leverkusen Fußball por 2-1, gracias a un gol histórico de volea de Zidane y a la actuación de Casillas en los últimos instantes del encuentro. A pesar de la llegada de algunos refuerzos de futbolistas jóvenes y prometedores, como por ejemplo Suso Fernández, (cedido por el Liverpool FC), el equipo parte con una base muy débil, ya que más de la mitad del equipo titular es la base del año anterior en segunda división. Parecía que el equipo se había liberado con ese triunfo en el derbi vasco, que había cortado una racha de seis encuentros sin ganar. Ya en la temporada inició ganando contra América 3-2 de local; después derrotó a Puebla 2-0, empató 1-1 contra Tigres y venció 3-2 a Tiburones Freseros, por lo que tuvo un excelente inicio, pero luego pierde 3-1 ante Atlas y cae en una mala racha debido a lesiones de Silvani y Calero, que se agudizó después de ganar 2-1 a León de local en la jornada 9, ya solo salvó 5 puntos de 27 posibles, consiguiendo en total 22 puntos, que lo marginaron de la liguilla.

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