En 1492 los Reyes Católicos expulsaron a los judíos, que no aceptaran la conversión al cristianismo, de sus reinos de Aragón y Castilla y una parte de ellos se refugió en el de Navarra, cuyo monarca Juan III de Albret (1491-1512) les dio acogida; pero al cabo de seis años, en el verano de 1498, ante las presiones exteriores, camisetas futbol baratas tuvo que decretar su expulsión. Sancho Ramírez, «rey de pamploneses y aragoneses», concedió a las gentes del burgo de Estella un fuero con el objeto de consolidarlo y, para ello, garantizó a su pobladores sus propiedades y el libre comercio, al tiempo que les concedió concejo propio. En las Cortes, dentro del brazo de las Universidades o buenas villas, se sentaba a continuación de Pamplona y, en consecuencia, antes que Tudela, lo que dio lugar a numerosos conflictos protocolarios a lo largo del siglo, en los que Estella aducía privilegios que se remontaban a 1328, a la ceremonia de la coronación de Juana II y Felipe de Evreux. Su matrimonio con el rey de Francia, Felipe IV el Hermoso, cambió la dinastía reinante en Navarra, que pasó de los condes de Champaña a los Capetos, reyes de Francia. El nuevo monarca de Navarra, Felipe III de Evreux reprimió la violencia contra los judíos por cuanto suponía en factor de inestabilidad social entre sus vasallos, entre los que también figuraban los judíos, y un quebranto para la hacienda real, a la que contribuían con importantes aportaciones.

Contaría con la baja de dos de sus puntales en temporadas anteriores: Asier del Horno, traspasado al Chelsea F. C., y Santi Ezquerro, que finalizaría contrato y firmaría con el F. C. Barcelona. Se estima que solo el cinco por ciento de la población judía del reino de Navarra tuvo que salir forzosamente ya que entretanto la mayoría se había convertido. En el siglo XIV, a causa de las guerras y la recesión económica, se produce una reducción de la población y, por este motivo, desaparece el primitivo barrio de San Salvador del Arenal. En frente del barrio de los francos de San Pedro de la Rúa, en la otra orilla del río, enseguida se configuró un nuevo núcleo de población: el de San Miguel; el desarrollo de este barrio promovió la creación de otro situado más al Este, supeditado al primero, que se dio en llamar de San Salvador del Arenal.

Patxi Puñal ha sido el protagonista del vídeo con el que el Club ha anunciado sus nuevas prendas. Así, hoy en día San Andrés es copatrón de la ciudad, junto con la Virgen del Puy. Así, el 29 de septiembre nació oficialmente la actual Real Federación Española de Fútbol, después de haber otorgado el rey Alfonso XIII la distinción real. Al poco tiempo la población de la Estella medieval se expandió hacia el Oeste, junto al barrio de San Miguel, en un parral del rey de Pamplona que, con el tiempo, se configuró como el barrio de San Juan. En el primer cuarto del siglo XIV comienza un periodo decadencia, debido fundamentalmente al enconado enfrentamiento entre dos facciones urbanas: la de los Ponces y la de los Learzas; las frecuentes medidas adoptadas por los monarcas para resolverlo fueron infructuosas, por otra parte, a este conflicto local, se sumó el que afectó a todo el Reino, se trata de la guerra civil entre los bandos agramontés y beaumontés, que alternativamente controlarán la población y que en buena medida provocará la invasión de Castilla en 1512. Entretanto Estella, como otras buenas villas, mantenía su presencia en las Cortes del Reino, además de su condición de capital de la Merindad.

Estella, que había había iniciado su trayectoria histórica con el rango de concejo, al cabo del tiempo adquirió el rango de villa y ahora, a finales del siglo XV, en torno a 1472, recibió el trato de ciudad. No se conoce el documento otorgado por Sancho Ramírez, aunque está fuera de duda de que estaba relacionado directamente con el que este mismo monarca había concedido por aquellas fechas a los francos de Jaca. Suárez se perdería los partidos de cuartos de final y semifinales, debido a las fechas de suspensión que recibió anteriormente, pero volvería para la final de la copa, donde Liverpool ganaría en definición a penales contra el Cardiff City. El Súper Dépor fue el segundo equipo de muchos españoles por estas fechas. Los clubes españoles han registrado algunos de los mejores resultados en las competiciones internacionales de clubes. Su población fue asesinada y sus propiedades saqueadas e incendiadas; entre las víctimas estaban los padres y cuatro hermanos del futuro poeta y rabino Menahem ben Aarón ibn Zerah, que fue herido pero sobrevivió. La presencia en Estella de una población judía se recoge documentalmente desde finales del siglo XI, pues en el fuero de los francos de San Pedro de la Rúa se hace referencia a las relaciones comerciales de los diversos grupos sociales entre los que figuran los judíos.