Hasta este momento había controlado la ciudad el agramontés Juan Remírez de Baquedano que, tras su rendición, fue reemplazado por el beaumontés Nicolás de Eguía. 1621, 1645 y 1670 se introdujeron novedades en la organización, composición y funcionamiento del municipio y que, además, tenían por objeto garantizar el orden y la moralidad, controlar el precio de los productos básicos, la represión del juego o la limpieza de espacios comunes. Elgacena ya no recuperó la población ni la actividad económica que disfrutaba antes del asalto de 1328. Casi tres décadas más tarde, en 1366, solo albergada a 89 familias, lo que suponía una cuarta parte de la población de Estella. En la noche del 5 al 6 de marzo de 1328 Elgacena fue asaltada por vecinos cristianos, instigados por el fraile Pedro de Ollogoyen, del convento de franciscanos de la ciudad. En el primer cuarto del siglo XIV comienza un periodo decadencia, debido fundamentalmente al enconado enfrentamiento entre dos facciones urbanas: la de los Ponces y la de los Learzas; las frecuentes medidas adoptadas por los monarcas para resolverlo fueron infructuosas, por otra parte, a este conflicto local, se sumó el que afectó a todo el Reino, se trata de la guerra civil entre los bandos agramontés y beaumontés, que alternativamente controlarán la población y que en buena medida provocará la invasión de Castilla en 1512. Entretanto Estella, como otras buenas villas, mantenía su presencia en las Cortes del Reino, además de su condición de capital de la Merindad.

La incursión sufrió una derrota definitiva en Noáin que supuso la consolidación definitiva de la conquista, el triunfo del bando beaumontés, y la renuncia de los reyes navarros a la recuperación de su territorio peninsular. La conquista de Navarra en 1512 fue emprendida por Fernando el Católico, rey de Aragón y regente de Castilla, y para ello contó con el apoyo del bando beaumontés, liderado por el conde de Lerín. El último intento de reconquista del Reino por su monarca legítimo, Enrique II de Albret (1503-1555), se produce en 1521, cuando un ejército franco-navarro al mando de André de Foix, señor de Asparrós, penetra en Navarra por Roncesvalles. ↑ Gobierno de Navarra. Durante los siglos XVI y XVII se fue consolidando el sistema de gobierno municipal: el Regimiento de la ciudad se elegía anualmente, por insaculación, según un sistema de representación en el que participaban por igual los vecinos de las parroquias de San Pedro, San Miguel y San Juan. El gobierno municipal, el regimiento, se consolida, la ciudad se expande ya liberada de las murallas interiores y exteriores, y la guerra se aleja, pues en todo caso se sitúa lejos, en la frontera con Francia, y siempre con conflictos esporádicos y de baja intensidad.

↑ «Pico y pala para renovar el Estadio Mediterráneo y levantar la Ciudad Deportiva». Eurocopa 2012 que se realizó en Polonia y Ucrania, y cuya final se disputó en el Estadio Olímpico de Kiev, tras vencer a la selección de Italia por 4-0, con goles de David Silva, Jordi Alba, Fernando Torres, y Juan Mata. La sección contaba con equipos masculinos en todas las categorías, desde alevines hasta sénior, que tenían su terreno de juego en el Estadio Pérez de Rozas, situado en la montaña de Montjuïc de Barcelona. La educación primaria se amplía con el Estudio de Gramática, cuyos alumnos, procedentes de la ciudad y de la comarca, salen preparados para ingresar en las universidades de Castilla o Francia, ya que Navarra carece de esta institución. Se estima que solo el cinco por ciento de la población judía del reino de Navarra tuvo que salir forzosamente ya que entretanto la mayoría se había convertido. Por este motivo la comisión delegada de la Liga de Fútbol Profesional elaboró, en colaboración con CSD, y aprobó en 2013 una nueva normativa de control económico financiero para garantizar la sostenibilidad económica-financiera del fútbol profesional. ↑ «Constitución de una nueva sociedad» (PDF). La nueva burguesía construye suntuosos palacios renacentistas, como el de los San Cristóbal (actual Casa de Cultura), en el barrio de San Pedro de la Rúa, y el palacio de los Eguía (actual Biblioteca Pública), en el barrio de San Miguel.

Por su parte, calle de la Rúa empieza a perder importancia frente al desarrollo de la calle Nueva, la actual calle Mayor, que une los barrios más prósperos de San Miguel y de San Juan. Por su parte el bando agramontés permaneció fiel a los reyes legítimos de Navarra, Catalina y Juan III de Albret. En 1492 los Reyes Católicos expulsaron a los judíos, que no aceptaran la conversión al cristianismo, de sus reinos de Aragón y Castilla y una parte de ellos se refugió en el de Navarra, cuyo monarca Juan III de Albret (1491-1512) les dio acogida; pero al cabo de seis años, en el verano de 1498, ante las presiones exteriores, camisetas de futbol baratas tuvo que decretar su expulsión. El nuevo monarca de Navarra, Felipe III de Evreux reprimió la violencia contra los judíos por cuanto suponía en factor de inestabilidad social entre sus vasallos, entre los que también figuraban los judíos, y un quebranto para la hacienda real, a la que contribuían con importantes aportaciones. En las Cortes, dentro del brazo de las Universidades o buenas villas, se sentaba a continuación de Pamplona y, en consecuencia, antes que Tudela, lo que dio lugar a numerosos conflictos protocolarios a lo largo del siglo, en los que Estella aducía privilegios que se remontaban a 1328, a la ceremonia de la coronación de Juana II y Felipe de Evreux.