Entre 2015 y 2017 ascendieron diez jugadores a la primera plantilla: Iñaki Williams, Sabin Merino, Iñigo Lekue, Enric Saborit, Ager Aketxe, Mikel Vesga, Yeray Álvarez, Kepa Arrizabalaga, Unai Núñez e Iñigo Córdoba. Históricamente, la cantera del Athletic está considerada como una de las más importantes del fútbol español, habiendo aportado nombres de gran relevancia en la historia de la Primera División española, tales como los técnicos Javier Clemente, Koldo Agirre, Iñaki Sáez y Ernesto Valverde o los futbolistas, José Ramón Alexanko, los hermanos Julio y Patxi Salinas, Rafael Alkorta, Genar Andrinua, Andoni Goikoetxea, Julen Guerrero, Fran Yeste, Aritz Aduriz, Andoni Iraola, o el campeón mundialista Fernando Llorente, entre otros. En el año 2000, ingresó el primer canterano negro de la historia del club, Blanchard Moussayou Sambou, aunque nacido en Angola, residía en Erandio. Al finalizar la temporada se produjo la salida del capitán y emblema del club, Lionel Messi. El Bilbao Athletic descendió de nuevo a Segunda División B la temporada 1995-96, y no fue hasta la 2015-16 cuando consiguió regresar a la categoría de plata, aunque un año después volvió a descender. El Club tiene federados dos equipos en la categoría de juveniles el Juvenil A, que participa en la División de Honor Juvenil y en la Copa del Rey Juvenil y el Juvenil B, que juega las competiciones provinciales.

Un año más tarde regresaría a tercera, categoría que siete temporadas más tarde se convertiría en la Segunda División B. En esta categoría, el Bilbao Athletic, forma jugadores para su incorporación al primer equipo, pero también se convierte en cantera de entrenadores, como Javier Clemente, Ernesto Valverde o Jose Luis Mendilibar. Con Luis Fernández el Athletic se proclamó subcampeón de liga, además de clasificar al Athletic para la Liga de Campeones, hazaña que fue celebrada por todo lo alto, y que lo acentuó el hecho de estar en plena celebración el centenario del club. En esta década, también debutó el primer jugador de fuera de «Euskal Herría» formado en una cantera vasca, caso de Luis de la Fuente, jugador originario de La Rioja que debutó en el Athletic en 1980, tras formarse desde los 15 años en Lezama. Pero el Athletic es consciente del antiguo componente histórico y lingüístico vasco de La Rioja que data desde la Calahorra vascona de la antigüedad; y ello tiene su traducción en la presencia relevante de jugadores riojanos, aunque sea por caminos un tanto enrevesados. Al considerar que los jugadores disponibles no eran de garantías para afrontar dicho torneo, el Athletic decidió participar con un nombre diferente, al fin de no ensuciar la imagen del original.

El nombre de Bilbao Athletic obedece a la voluntad de homenajear a uno de los dos primeros equipos de fútbol con que contó Bilbao en el origen del fútbol en Vizcaya. No solo lo consiguió, sino que además logró formar uno de los mejores conjuntos de la historia del Athletic. El día 20 de noviembre de 2011 debutó por primera vez, de forma oficial, el primer jugador negro en la historia del club; Jonás Ramalho. En 1981 llegaría otro de los grandes entrenadores de la historia del Athletic, tercera equipacion osasuna Javier Clemente. Una consideración especial ha de hacerse con La Rioja, una tierra que, sin que actual y oficialmente forme parte de ese ámbito, sí ha sido componente histórico del mismo. El Fútbol Club Barcelona es una institución polideportiva que, además de equipos de fútbol, cuenta con equipos en doce disciplinas deportivas más. Un suceso que corrobora este hecho, fue cuando el por entonces entrenador del Athletic, Ferdinand Daučík, presenció un partido entre alumnos de la Universidad de Deusto y la facultad de económicas; entre ellos jugaba Miguel Jones, un talentoso jugador de nacionalidad española y de raza negra al que Daučík intentó fichar para el Athletic, pero el club rojiblanco desestimó su fichaje por no ser originario de Vizcaya.

En marzo de 2012, el Athletic consiguió el récord de ser el club que más aficionados ha desplazado al extranjero (exceptuando las finales), al viajar alrededor de 8000 aficionados a Mánchester para presenciar el partido de octavos de final de la Europa League, que enfrentaba al Athletic con el Manchester United. Su momento más dulce, fue cuando llevó al Athletic a disputar la final de la Copa del Rey en 2009, hecho que cobró gran relevancia, debido a que el club llevaba 24 años sin conseguirlo. El color rojo de la primera equipación es un modelo exclusivo que combina el diseño y las señas de identidad clásicas de la marca Adidas con el lado más tecnológico de la misma, respetando en todo momento la identidad histórica del Club. Años más tarde, el 8 de diciembre de 1959, el club decidió otorgarle la insignia de oro y brillantes del Athletic, como reconocimiento por su dilatada carrera y los logros cosechados durante su estancia en Bilbao; aquel acto incluyó un partido de homenaje en el que se enfrentaron el Athletic y el Chelsea F. C. en San Mamés. En diciembre de 2010, el por entonces presidente del club, Fernando García Macua, aseguró en una entrevista que el jugador francés de la Real Sociedad, Antoine Griezmann, no entraba en la filosofía por no pertenecer a Iparralde, uno de los lugares aceptados por la filosofía.