En la ida del jueves 17 de mayo Pachuca tomó ventaja polémica de 2-1 cuando el árbitro Felipe Ramos Rizo marcó un penalti dudoso a favor del local y luego al compensar anuló un claro gol de Manuel Vidrio en minutos finales. Ya en la temporada inició ganando contra América 3-2 de local; después derrotó a Puebla 2-0, empató 1-1 contra Tigres y venció 3-2 a Tiburones Freseros, por lo que tuvo un excelente inicio, pero luego pierde 3-1 ante Atlas y cae en una mala racha debido a lesiones de Silvani y Calero, que se agudizó después de ganar 2-1 a León de local en la jornada 9, ya solo salvó 5 puntos de 27 posibles, consiguiendo en total 22 puntos, equipacion osasuna 2022 que lo marginaron de la liguilla. La tragedia que tocó al grupo de jugadores, vivió una semana muy difícil en lo anímico, pero el siguiente juego venció a Guadalajara de visita 2-0 dedicando el resultado en la memoria de Gómez, por cierto después de ese juego Pachuca alcanzó el liderato general en 5 juegos pues pospuso el pendiente contra Monterrey; para la fecha 7 de local contra Cruz Azul se hizo una ceremonia previa para retirar el número 20 que portaba Pablo, ya en el juego perdió 3-2 y Manuel Vidrio agredió con artero codazo a Francisco Palencia, luego de este juego cayó en una mala racha, pero vino un repunte inesperado luego de vencer 1-0 al América en el estadio Azul, pues el América tenía ocupado su inmueble y con varios jóvenes alineando por las continuas suspensiones de titulares.

En el Torneo Invierno 1998, Pachuca arranca con un triunfo de 3-1 contra Tigres en el Hidalgo pero luego cae en una mala racha entonces destituyen a Andrés Fassi y presentan a Javier Aguirre que debuta el 11 de septiembre con un emotivo empate a 3 goles contra América en el estadio Azteca, a final consigue 12 puntos. Cabe destacar que los tres goles del Pachuca en esta final contra el América fueron anotados por Juan Carlos Cacho. En la liguilla enfrentó al Atlante en cuartos derrotando 3-2 global (1-2 ida y 0-1 vuelta), la semifinal contra Toluca el de ida 2-2 donde previo al juego se homenajeó a Gabriel Caballero y de manos del presidente del club, Jesús Martínez recibió su carta de naturalización como mexicano, en la vuelta en la bombonera los tuzos sorprenden y eliminan con un 4-2 con actuación destacada de Walter Silvani, y llega a su segunda final consecutiva, ahora frente a Tigres de la UANL, la ida fue para Pachuca por 2-0 con goles de Silvani y Santana.

El rival siguiente fue Toluca, en la ida Pachuca sale con mínima ventaja de 1-0 con gol de Marcelino Bernal, en la vuelta Pachuca salía como víctima del Toluca que era el campeón defensor, pero los de Hidalgo sorprendieron a los rojos y les ganaban 2-0 con anotaciones de Pablo Hernán, aunque a 5 minutos del final bajaron la guardia y los Mexiquenses les empataron con goles de José Manuel Abundis y Carlos María Morales, aunque ya no les alcanzó el tiempo para eliminarlos. Con un juego equilibrado y precavido se realizó un torneo aceptable de 26 puntos ubicado en séptimo lugar, accedió a su primera liguilla en la historia contra Monarcas Morelia en la reclasificación perdiendo el de ida 4-2, los dos goles de Pablo Gómez, Para el de vuelta el estadio Hidalgo lució lleno esperando avanzar, Caballero marco el primero de dos al minuto 8, Morelia decide defenderse y entonces el gol no llegaba, pero agónicamente en tiempo de compensación Marcelino Bernal conecta un envió de tiro de esquina para empatar el global 4-4 y acceder a cuartos de final. En la vuelta primero Pachuca enfrentó un escenario hostil en el estadio Universitario, los locales se fueron al frente con gol de Jesús Olalde al 32’, entonces era cuestión de tiempo para que los Tigres empataran pues dominaron el partido, entonces Silvani que había pasado el juego inadvertido recibió un balón desde la defensa que bajo con el pecho y de bote pronto lo conectó desde el medio campo sorprendiendo a Óscar Dautt para sellar el campeonato empatando el juego 1-1 y poniendo la cifra global de 3-1, Silvani fue el mejor jugador y obtuvo el goleo de esa liguilla con 6 tantos.

En la ida la escuadra hidalguense cayó por marcador de 2:1 y en la vuelta goleó al equipo colombiano por marcador de 5:2. En cuartos de final enfrentó al Lanús de Argentina derrotándolo por marcador agregado de 5:2. En la ida los tuzos vencieron 3:0 a Lanús en Buenos Aires. En semifinales vencieron al Atlético Paranaense de Brasil por marcador agregado de 5:1. Para la ida, los tuzos lograron obtener la victoria en Curitibia por marcador de 1:0. Finalmente culminaron el pase a la gran final con un 4:1 contundente. Pachuca con todos estos problemas calificó a la liguilla donde eliminó al Monterrey ganando el de ida 4-0 con dos goles de Manuel Vidrio, y empatando 2-2 en el Tecnológico con una destacada actuación de Cesáreo Victorino que demostró que estaba en gran nivel luego que un año atrás Monterrey rechazara contratarlo al argumentar que padecía una lesión grave; en semifinal enfrentó al América el de ida fue un 2-0 con goles de Sergio Santana y Cesáreo Victorino, ya en la vuelta América se puso al frente con gol de Fabián Estay durante todo el juego llovió fuertemente, cuando los locales buscaban el empate Victorino aseguró la final al anotar el empate 1-1 cuando techo con un golazo a Hugo Pineda guardameta Americanista a 3 minutos del final.