Para el Torneo Verano 1997 se refuerza con el defensa Guillermo Rivarola y José Luis Villareal sin embargo no llegan los resultados para evitar el descenso, así es destituido José Yudicca y entra Andrés Fassi para la fecha 9 consiguiendo un dramático empate ante Morelia entonces rivales directos en el descenso, no se mejora y con una derrota ante Atlético Celaya de 3-2 el 20 de abril en el Hidalgo se consuma su descenso. En la vuelta primero Pachuca enfrentó un escenario hostil en el estadio Universitario, los locales se fueron al frente con gol de Jesús Olalde al 32’, entonces era cuestión de tiempo para que los Tigres empataran pues dominaron el partido, entonces Silvani que había pasado el juego inadvertido recibió un balón desde la defensa que bajo con el pecho y de bote pronto lo conectó desde el medio campo sorprendiendo a Óscar Dautt para sellar el campeonato empatando el juego 1-1 y poniendo la cifra global de 3-1, camiseta osasuna Silvani fue el mejor jugador y obtuvo el goleo de esa liguilla con 6 tantos. En 1994-1995 consigue el súper liderato con 46 puntos producto de 18 triunfos, 10 empates y 10 derrotas, y una ofensiva destacada de 58 goles, llegan hasta la final contra los Toros del Atlético Celaya, quienes vencen al equipo hidalguense 1-0 con anotación de Amarildo Soarez en tiempo extra en el estadio Hidalgo.

Con un juego equilibrado y precavido se realizó un torneo aceptable de 26 puntos ubicado en séptimo lugar, accedió a su primera liguilla en la historia contra Monarcas Morelia en la reclasificación perdiendo el de ida 4-2, los dos goles de Pablo Gómez, Para el de vuelta el estadio Hidalgo lució lleno esperando avanzar, Caballero marco el primero de dos al minuto 8, Morelia decide defenderse y entonces el gol no llegaba, pero agónicamente en tiempo de compensación Marcelino Bernal conecta un envió de tiro de esquina para empatar el global 4-4 y acceder a cuartos de final. También se inicia con la novedad de enfrentar su primer torneo internacional en la copa de Concacaf pero tiene un papel lamentable y es eliminado en las rondas previas por Olimpia 3-1, debido a estos compromisos de inicio de año pospone su juego contra Monterrey de la fecha 3 y adelantó su encuentro de la fecha 2 contra Necaxa empatando 1-1 con gol de Pablo Hernán Gómez, en el estadio de Jasso, Hidalgo debido al juego de veto que pagó el Hidalgo después del juego de cuartos contra Morelia.

Inició de nuevo contra el campeón América la fecha 1 con derrota de 0-3 e hilvanó 7 jornadas consecutivas sin ganar, hasta que derrotó de visitante 4-2 a San Luis; dos fechas más derrota 2-0 a Necaxa y las últimas 9 fechas solo rescató 5 puntos de 27 posibles, quedándose entonces en el último lugar general con 15 puntos; los delanteros más rentables fueron Juan Arango con 5 goles y Sergio Santana con 6. Entre cosas curiosas esta temporada Miguel Calero marcó un gol (en remate de cabeza con todo y gorra) para salvar un empate a 3 contra Chiapas en la fecha 2, y Walter Silvani que fue el referente del gol un año atrás esta campaña entre lesiones y bajas de juego solo marcó dos veces, motivo por el cual fue dado de baja. En el Torneo Clausura 2003. Tratando de dejar atrás el último lugar general del apertura, Alfredo Tena fue sustituido por Carlos Leonel Trucco; el boliviano reforzó el equipo con los argentinos Germán Rivarola y los atacantes Víctor Müller y José Manuel Abundis. En el Torneo Apertura 2003 fue contratado Víctor Manuel Vucetich como entrenador, el equipo reforzó su plantel con el regreso de Octavio Valdez de Toluca, el colombiano John Harold Lozano, Marinho Ledezma de Cruz Azul, el uruguayo Gabriel Alves, regresaron Gabriel Caballero de Atlas, Claudio Da Silva de Colibríes y Manuel Vidrio sin mucha fortuna del Osasuna de España, y la contratación más importante con Adolfo Bautista de Morelia, a quien no le agradó ser adquirido en el draft por Pachuca, pues él esperaba ser contratado por un club más importante y propicio que durante el torneo tuviera escasa actividad.

Tal es así, que el 2 de marzo de 2011 pasó a la historia como el día en que el once inicial del Athletic no presentó ningún vizcaíno en 113 años de historia. En el Invierno 1997, ya de nuevo en el circuito de ascenso, Andrés Fassi guía al equipo al título luego de un buen torneo consiguiendo el segundo lugar general con 35 puntos, llegando hasta la final contra la Real Sociedad de Zacatecas venciéndolo 2-1, el 6 de diciembre, Para el Verano 1998 tiene otro paso importante calificando con 31 puntos como séptimo lugar queda eliminado en cuartos por San Luis, ya en la final de ascenso enfrenta a Tigrillos de la UANL derrotándolos 3-2 en el estadio Hidalgo para ascender por cuarta ocasión en su historia. Los «Tuzos» tuvieron un repunte importante con 10 triunfos, 6 empates y 3 derrotas, para conseguir el tercer lugar general y primer lugar del grupo uno con 36 puntos, en liguilla en cuartos de final contra Necaxa con disputado 4-3 global, ganado el de ida 3-1; goles de Manuel Vidrio, Santana y Ledezma; por los rayos anotó Ángel Sosa; el de vuelta Necaxa ganó 2-1 con goles de Braulio Luna, descontando Claudio Da Silva.

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