Clasificaron a la fase previa de la Copa Libertadores ganando su final en la Interliga para enfrentar a la Universidad de Chile, segunda equipacion osasuna tras la gran actuación del guardameta colombiano Miguel Calero. En la temporada 2007 disputarían la recién creada SuperLiga Norteamericana, la cual se adjudicaron la noche del 29 de agosto en Carson, California, venciendo al local Los Ángeles Galaxy, llegando hasta la fase de penales donde el portero colombiano Miguel Calero fue el héroe de la noche atajando un penal a Landon Donovan, dándole así a los Tuzos del Pachuca un título más, encumbrando los grandes años de la institución. Siendo el único representante de México en el torneo, Pachuca enfrentó al Houston Dynamo, empatando a dos tantos en el tiempo regular, por lo que ambos equipos fueron directo a la tanda de penales, en la cual Pachuca resultó vencedor por marcador de 5-3. Ya instalados en la final a partido único, Pachuca enfrentaría nuevamente al Los Angeles Galaxy, en un partido muy cerrado donde se presentó la lesión de David Beckham tras un tapón con Fernando Salazar.

Después de una gran actuación en el torneo, Pachuca, campeón del Torneo Clausura 2006, se iba a ver la cara del campeón del Torneo Apertura 2006, las Chivas de Guadalajara. El tercer enfrentamiento fue contra las Chivas Rayadas del Guadalajara, partido que definía el segundo lugar del grupo. Paraguay terminó en el primer lugar de su grupo con 7 puntos, y avanzaría a las etapas de cuartos de final de la copa. Durante la fase de clasificación para la Copa Mundial de la FIFA 2010, Santa Cruz había marcado tres goles para Paraguay. Ya instalado en la fase de grupos con el Árabe Unido de Panamá, el Houston Dynamo de Estados Unidos y el Isidro Metapán del Salvador. Pachuca enfrentó a Los Angeles Galaxy en el primer partido de la fase de grupos, siendo derrotado en el último minuto por marcador de 2-1. En el segundo partido pachuca no podía perder, por lo que fue obligado a buscar la victoria ante el FC Dallas, sin embargo al minuto 74 Carlos «Pescadito» Ruíz hacia el gol para el equipo texano. El Pachuca con un plantel reforzado enfrentó al Club Monterrey ganándole en la ida 1-0 con tanto de Damián Álvarez y en la vuelta 2-1 consiguiendo un resultado inesperado ya que habían eliminado al superlíder de la competencia.

La ida en el Estadio Jalisco se empató con trabajos del equipo hidalguense, por lo que el resultado fue 2:2. La vuelta mostró grandes jugadas ofensivas y defensivas por lo que el tiempo regular terminó empatado a 0 goles. Antes del final del primer tiempo extra Christian Giménez conseguiría un gol muy importante para que el equipo hidalguense avanzara a la gran final. Cabe destacar que los tres goles del Pachuca en esta final contra el América fueron anotados por Juan Carlos Cacho. Con estos mimbres se confeccionó la que fue llamada como la «primera delantera eléctrica»: Casuco, Gallart, Lángara, Galé y Juan Manuel Inciarte. Los viejos ídolos del club dieron paso un equipo integrado por jóvenes españoles como Enrique Pérez Pachín, Pedro de Felipe, Manuel Sanchís, José Martínez Pirri, Ignacio Zoco, Paco Serena, Amancio Amaro, Ramón Grosso o Manuel Velázquez; todos ellos capitaneados por el veterano Paco Gento. En el Torneo Apertura 2009 el pachuca contrata al profesor Guillermo Rivarola tras la salida de Enrique Meza. Cerró el Torneo Clausura 2009 como superlíder y en la liguilla enfrentó a los Jaguares de Chiapas derrotándolos 3-1 en Chiapas, y cerrando la serie en el Huracán con un marcador de 2-0, dejando el global en 5-1. En semifinales se enfrentó a los Indios de Ciudad Juárez, uno de los equipos sorpresas de la Liguilla, junto al Puebla.

Pachuca sería derrotado en la ida por marcador de 2:0 en contra. Pachuca enfrentaría en Cuartos de Final al Comunicaciones de Guatemala.En la ida ambos igualaron a un tanto. Participaron nuestros equipos Infantil y Prealevín, clasificándose ambos para disputar la final. Tras una buena actuación en el Estadio Hidalgo Pachuca llevó la eliminatoria al alargue, camisetas de futbol 2022 ya que el marcador en la vuelta era de 4:2 por lo que ambos equipos iban empatados a 4 tantos. Aun así Pachuca conseguiría remontar el marcador en casa. Pachuca estaría listo para ir al Mundial de Clubes en Japón. Además este título le otorga al Pachuca el derecho de disputar la Copa Mundial de Clubes de la FIFA 2007 a celebrarse en diciembre de ese año en Japón. Debido a sus actuaciones y la participación en tres grandes torneos ese mismo año (Campeonato Sudamericano Juvenil, Campeonato Mundial Juvenil de la FIFA y la Copa América), Santa Cruz fue galardonado como el mejor futbolista paraguayo del año por la ABC color y la Asociación paraguaya de Fútbol. A nivel polideportivo, a lo largo de su historia el Deportivo ha contado con otras secciones deportivas, como fútbol indoor (ganador del doblete Liga y Copa en 2008 y 2010) o atletismo (con más de 125 trofeos).